 |
Gordon, jenis yang sama sekali baru dari superkomputer yang menggunakan sejumlah besar memori flash, membantu faktor transkripsi peneliti studi yang dapat ditargetkan untuk pengobatan gangguan mental. Kredit: UC San Diego Publikasi / Erik Jepsen
|
Ketika resmi datang online di San Diego Supercomputer Center (SDSC) pada awal Januari 2012, Gordon langsung mengesankan. Dalam satu demonstrasi, ia menderita lebih dari 35 juta operasi input / output per detik-kemudian, sebuah rekor dunia.
Input / output operasi merupakan ukuran penting untuk komputasi data yang intensif, yang menunjukkan kemampuan dari suatu sistem penyimpanan dengan cepat berkomunikasi antara sistem pengolahan informasi, seperti komputer, dan dunia luar. Input / output operasi menentukan seberapa cepat sistem dapat mengambil data secara acak terorganisir umum di dataset besar dan memprosesnya melalui aplikasi data mining.
Memecahkan rekor feat superkomputer itu tidak mengejutkan, setelah semua, Gordon dinamai superhero komik strip, Flash Gordon.
Arsitektur Gordon baru dan unik mempekerjakan sejumlah besar jenis memori flash sering terjadi pada ponsel dan laptop-maka namanya. Sistem ini digunakan oleh para ilmuwan yang penelitiannya membutuhkan pertambangan, mencari dan / atau menciptakan database besar untuk segera digunakan atau lambat, termasuk pemetaan genom untuk aplikasi dalam pengobatan pribadi dan memeriksa otomatisasi komputer perdagangan saham oleh perusahaan investasi di Wall Street.
Ditugaskan oleh National Science Foundation (NSF) pada tahun 2009 sebesar $ 20 juta, Gordon adalah bagian dari Ilmu Ekstrim NSF dan Lingkungan Teknik Discovery, atau program XSEDE, kemitraan nasional yang terdiri dari 16 komputer performa tinggi dan high-end visualisasi dan sumber data analisis.
"Gordon adalah mesin yang unik Lanjutan portofolio NSF Cyberinfrastructure / XSEDE," kata Barry Schneider, direktur program NSF untuk cyberinfrastructure canggih. "Hal ini dirancang untuk menangani masalah ilmiah yang melibatkan manipulasi data yang sangat besar. Hal ini dibedakan dari sumber lain yang paling kita mendukung dalam memiliki memori solid-state yang besar, 4 GB per inti, dan kemampuan simulasi sistem memori yang sangat besar bersama dengan perangkat lunak. "
Bulan lalu, sebuah tim peneliti dari SDSC, Amerika Serikat dan Pasteur Institute di Perancis dilaporkan dalam jurnal Gen, Otak dan Perilaku bahwa mereka menggunakan Gordon untuk merancang cara baru untuk menggambarkan waktu-tergantung gen-ekspresi proses di otak yang dapat digunakan untuk memandu pengembangan pengobatan untuk gangguan mental seperti autisme spektrum gangguan dan skizofrenia.
Para peneliti mengidentifikasi pohon hirarkis kelompok gen yang koheren dan transkripsi-faktor jaringan yang menentukan pola gen diekspresikan selama perkembangan otak. Mereka menemukan bahwa beberapa "faktor transkripsi master" di tingkat puncak hirarki mengatur ekspresi sejumlah besar kelompok gen.
Temuan para ilmuwan 'dapat digunakan untuk pemilihan faktor transkripsi yang dapat ditargetkan dalam pengobatan gangguan mental yang spesifik.
"Kita hidup dalam waktu yang unik ketika sejumlah besar data yang terkait dengan gen, DNA, RNA, protein, dan benda-benda biologis lainnya telah diekstrak dan disimpan," kata pemimpin penulis Igor Tsigelny, seorang ilmuwan penelitian dengan SDSC serta dengan UC San Diego Moores Cancer Center dan Departemen atas ilmu saraf.
"Saya dapat membandingkan waktu ini untuk situasi ketika bijih besi akan diambil dari tanah dan disimpan sebagai tumpukan di tanah Yang kita butuhkan adalah untuk mengubah data untuk pengetahuan, seperti bijih untuk baja.. Hanya superkomputer dan orang-orang yang tahu apa yang harus dilakukan dengan mereka akan membuat semacam transformasi mungkin, "katanya.
Penelitian ini merupakan salah satu dari sejumlah proyek yang bernilai tinggi yang dilakukan di SDSC dengan Gordon.
Bagikan ke teman-teman :
0 Comments
